• Login
  • Help/Guide
  • About Trac
  • Preferences
  • Wiki
  • Timeline
  • Roadmap
  • Browse Source
  • View Tickets
  • Search

Context Navigation

  • ← Previous Changeset
  • Next Changeset →

Changeset 197

Show
Ignore:
Timestamp:
09/12/08 10:48:58 (2 months ago)
Author:
andrew
Message:

Made first set of changes from meeting on 10th

Location:
Xml/Working
Files:
1 added
2 modified

  • OMERO.xsd (added)
  • SA.xsd (modified) (6 diffs)
  • roi-sa-sample.xml (modified) (3 diffs)

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • Xml/Working/SA.xsd

    r195 r197  
    2828                <xsd:complexType> 
    2929                        <xsd:choice minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"> 
    30                                 <xsd:element ref="SvgAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     30                                <xsd:element ref="XmlAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3131                                <xsd:element ref="FileAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3232                                <xsd:element ref="ListAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    33                                 <xsd:element ref="TextAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3433                                <xsd:element ref="LongAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3534                                <xsd:element ref="DoubleAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    36                                 <xsd:element ref="ProfileAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     35                                <xsd:element ref="StringAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3736                                <xsd:element ref="BooleanAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3837                                <xsd:element ref="TimestampAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    … …  
    7372                </xsd:complexType> 
    7473        </xsd:element> 
    75         <xsd:element name="SvgAnnotation"> <!-- top level definition --> 
     74        <xsd:element name="XmlAnnotation"> <!-- top level definition --> 
    7675                <xsd:complexType> 
    7776                        <xsd:complexContent> 
    7877                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
    79                                         <xsd:attribute name="fill" use="optional" type="xsd:string"/> 
    80                                         <xsd:attribute name="fill-opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
    81                                         <xsd:attribute name="fill-rule" use="optional" type="xsd:string"/> 
    82                                         <xsd:attribute name="stroke" use="optional" type="xsd:string"/> 
    83                                         <xsd:attribute name="stroke-opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
    84                                         <xsd:attribute name="stroke-width" use="optional" type="xsd:string"/> 
    85                                         <xsd:attribute name="stroke-dashoffset" use="optional" type="xsd:string"/> 
    86                                         <xsd:attribute name="stroke-dasharray" use="optional" type="xsd:string"/> 
    87                                         <xsd:attribute name="stroke-linecap" use="optional" type="xsd:string"/> 
    88                                         <xsd:attribute name="stroke-linejoin" use="optional" type="xsd:string"/> 
    89                                         <xsd:attribute name="stroke-miterlimit" use="optional" type="xsd:string"/> 
    90                                         <xsd:attribute name="color-interpolation" use="optional" type="xsd:string"/> 
    91                                         <xsd:attribute name="color-rendering" use="optional" type="xsd:string"/> 
    92                                         <xsd:attribute name="opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
    93                                         <xsd:attribute name="marker-end" use="optional" type="xsd:string"/> 
    94                                         <xsd:attribute name="font-family" use="optional" type="xsd:string"/> 
    95                                         <xsd:attribute name="font-size" use="optional" type="xsd:string"/> 
    96                                         <xsd:attribute name="font-adjust" use="optional" type="xsd:string"/> 
    97                                         <xsd:attribute name="font-strech" use="optional" type="xsd:string"/> 
    98                                         <xsd:attribute name="font-style" use="optional" type="xsd:string"/> 
    99                                         <xsd:attribute name="font-variant" use="optional" type="xsd:string"/> 
    100                                         <xsd:attribute name="font-weight" use="optional" type="xsd:string"/> 
    101                                         <xsd:attribute name="alignment-baseline" use="optional" type="xsd:string"/> 
    102                                         <xsd:attribute name="baseline-shift" use="optional" type="xsd:string"/> 
    103                                         <xsd:attribute name="direction" use="optional" type="xsd:string"/> 
    104                                         <xsd:attribute name="dominant-baseline" use="optional" type="xsd:string"/> 
    105                                         <xsd:attribute name="glyph-orientation-horizontal" use="optional" type="xsd:string"/> 
    106                                         <xsd:attribute name="glyph-orientation-vertical" use="optional" type="xsd:string"/> 
    107                                         <xsd:attribute name="kerning" use="optional" type="xsd:string"/> 
    108                                         <xsd:attribute name="letter-spacing" use="optional" type="xsd:string"/> 
    109                                         <xsd:attribute name="text-anchor" use="optional" type="xsd:string"/> 
    110                                         <xsd:attribute name="text-decoration" use="optional" type="xsd:string"/> 
    111                                         <xsd:attribute name="unicode-bidi" use="optional" type="xsd:string"/> 
    112                                         <xsd:attribute name="word-spacing" use="optional" type="xsd:string"/> 
    113                                         <xsd:attribute name="rotate" use="optional" type="xsd:string"/> 
     78                                        <xsd:sequence> 
     79                                                <xsd:element name="Value" minOccurs="1" maxOccurs="1"> 
     80                                                        <xsd:complexType> 
     81                                                                <xsd:sequence> 
     82                                                                        <xsd:any processContents = "lax" minOccurs = "0" maxOccurs = "unbounded"/> 
     83                                                                </xsd:sequence> 
     84                                                        </xsd:complexType> 
     85                                                </xsd:element> 
     86                                        </xsd:sequence> 
    11487                                </xsd:extension> 
    11588                        </xsd:complexContent> 
    … …  
    133106                </xsd:complexType> 
    134107        </xsd:element> 
    135         <xsd:element name="TextAnnotation"> <!-- top level definition --> 
     108        <xsd:element name="StringAnnotation"> <!-- top level definition --> 
    136109                <xsd:complexType> 
    137110                        <xsd:complexContent> 
    … …  
    139112                                        <xsd:sequence> 
    140113                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:string" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    141                                                 <xsd:element name="TextType" type="xsd:string" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    142114                                        </xsd:sequence> 
    143115                                </xsd:extension> 
    … …  
    167139                </xsd:complexType> 
    168140        </xsd:element> 
    169         <xsd:element name="ProfileAnnotation"> <!-- top level definition --> 
    170                 <xsd:complexType> 
    171                         <xsd:complexContent> 
    172                                 <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
    173                                         <xsd:choice minOccurs="1" maxOccurs="1"> 
    174                                                 <xsd:element name="InstrumentProfile" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    175                                                 <xsd:element name="ChannelProfile" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    176                                         </xsd:choice> 
    177                                 </xsd:extension> 
    178                         </xsd:complexContent> 
    179                 </xsd:complexType> 
    180         </xsd:element> 
    181141        <xsd:element name="BooleanAnnotation"> <!-- top level definition --> 
    182142                <xsd:complexType> 
    … …  
    201161                </xsd:complexType> 
    202162        </xsd:element> 
    203          
    204         <xsd:element name="ImageProfile"> <!-- top level definition --> 
    205                 <xsd:complexType> 
    206                         <xsd:sequence> 
    207                                 <xsd:element name="Name" type="xsd:string" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    208                                 <xsd:element name="Description" type="xsd:string" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    209                                 <!-- InstrumentRef is used instead of a reference to Microscope as  
    210                                         there is no ID in Microscope. There is a 1 to 1 mapping as each 
    211                                         Instrument can contain only 1 Microscope. 
    212                                 --> 
    213                                 <xsd:element ref="OME:InstrumentRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    214                                 <xsd:element ref="OME:ObjectiveRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    215                         </xsd:sequence> 
    216                 </xsd:complexType> 
    217         </xsd:element> 
    218         <xsd:element name="ChannelProfile"> <!-- top level definition --> 
    219                 <xsd:complexType> 
    220                         <xsd:sequence> 
    221                                 <xsd:element name="Name" type="xsd:string" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    222                                 <xsd:element name="Description" type="xsd:string" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    223                                 <xsd:element ref="OME:LightSourceRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    224                                 <xsd:element ref="OME:OTFRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    225                                 <xsd:element ref="OME:DetectorRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    226                                 <xsd:element ref="OME:FilterSetRef" minOccurs="0" maxOccurs="1"/> 
    227                         </xsd:sequence> 
    228                 </xsd:complexType> 
    229         </xsd:element> 
    230  
    231163</xsd:schema> 

  • Xml/Working/roi-sa-sample.xml

    r195 r197  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    2 <ome:OME  
     2<ome:OME 
    33        xmlns:bf="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2008-02"  
    44        xmlns:ome="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-02"  
    55        xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"  
    66        xmlns:sa="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2008-02"  
    7         xsi:schemaLocation="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-02 ome-roi-sa.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2008-02 SA.xsd" 
     7        xmlns:omero="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OMERO/2008-02"  
     8        xsi:schemaLocation="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-02 ome-roi-sa.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2008-02 SA.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OMERO/2008-02 OMERO.xsd" 
    89        > 
    910        <ome:Image ID="Image:1" Name="Name92" DefaultPixels="Pixels:b"> 
    … …  
    6263                        <sa:ExternalFile>roi-sample-annotations/report.pdf</sa:ExternalFile> 
    6364                </sa:FileAnnotation> 
    64                 <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:3" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg"  
    65                         fill-opacity="0.25098039215686274" fill-rule="evenodd" stroke="#c4c4c4" 
    66                         stroke-dashoffset="0" stroke-linecap="butt" stroke-linejoin="miter" 
    67                         stroke-miterlimit="3" stroke-opacity="0.7686274509803922" stroke-width="1" 
    68                         > 
     65                <sa:XmlAnnotation ID="Annotation:3" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg"> 
    6966                        <sa:Link>Shape:5</sa:Link> 
    7067                        <sa:Link>Shape:4</sa:Link> 
    7168                        <sa:Link>Shape:3</sa:Link> 
    7269                        <sa:Link>Shape:2</sa:Link> 
    73                 </sa:SvgAnnotation> 
    74                 <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:4" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg" 
    75                         fill="#c4c4c4" fill-opacity="0.7686274509803922" 
    76                         font-family="Verdana" font-size="12" font-style="normal"  
    77                         font-variant="normal" font-weight="normal" 
    78                         > 
     70                        <sa:Value> 
     71                                <omero:RoiDisplay 
     72                                        fill-opacity="0.25098039215686274" fill-rule="evenodd" 
     73                                        stroke="#c4c4c4" stroke-dashoffset="0" stroke-linecap="butt" 
     74                                        stroke-linejoin="miter" stroke-miterlimit="3" 
     75                                        stroke-opacity="0.7686274509803922" stroke-width="1" 
     76                                />                               
     77                        </sa:Value> 
     78                </sa:XmlAnnotation> 
     79                <sa:XmlAnnotation ID="Annotation:4" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg"> 
    7980                        <sa:Link>Shape:1</sa:Link> 
    80                 </sa:SvgAnnotation> 
     81                        <sa:Value> 
     82                                <omero:RoiDisplay 
     83                                        fill="#c4c4c4" fill-opacity="0.7686274509803922" 
     84                                        font-family="Verdana" font-size="12" font-style="normal"  
     85                                        font-variant="normal" font-weight="normal" 
     86                                /> 
     87                        </sa:Value> 
     88                </sa:XmlAnnotation> 
    8189                <sa:FileAnnotation ID="Annotation:5" Namespace="ome:omero:attachment:origionalfile"> 
    8290                        <sa:Link>Shape:5</sa:Link> 
    … …  
    108116                        <sa:Value>204</sa:Value> 
    109117                </sa:LongAnnotation> 
    110                 <sa:TextAnnotation ID="Annotation:10" Namespace="ome:omero:attachment:url"> 
     118                <sa:StringAnnotation ID="Annotation:11" Namespace="ome:omero:attachment:url"> 
    111119                        <sa:Link>Image:1</sa:Link> 
    112120                        <sa:Value>http://www.ome-xml.org/</sa:Value> 
    113                         <sa:TextType>url</sa:TextType> 
    114                 </sa:TextAnnotation> 
    115                 <sa:TimestampAnnotation ID="Annotation:11" Namespace="ome:omero:insight:last-viewed"> 
     121                </sa:StringAnnotation> 
     122                <sa:TimestampAnnotation ID="Annotation:12" Namespace="ome:omero:insight:last-viewed"> 
    116123                        <sa:Link>Image:1</sa:Link> 
    117124                        <sa:Value>2008-03-04T14:17:43.0Z</sa:Value> 
    118125                </sa:TimestampAnnotation> 
    119                 <sa:TextAnnotation ID="Annotation:12" Namespace="ome:omero:tag:taglist"> 
     126                <sa:StringAnnotation ID="Annotation:13" Namespace="ome:omero:tag:taglist"> 
    120127                        <sa:Link>Image:1</sa:Link> 
    121128                        <sa:Value>"good image" "jcb paper" "Figure 1"</sa:Value> 
    122                         <sa:TextType>list</sa:TextType> 
    123                 </sa:TextAnnotation> 
     129                </sa:StringAnnotation> 
     130                <sa:XmlAnnotation ID="Annotation:14" Namespace="ome:omero:profile"> 
     131                        <sa:Link>Image:1</sa:Link> 
     132                        <sa:Value> 
     133                                <omero:ProfileSet> 
     134                                        <omero:ImageProfile origin="User"> 
     135                                                <omero:Name></omero:Name> 
     136                                                <omero:Description></omero:Description> 
     137                                                <ome:InstrumentRef ID="Instrument:1"/> 
     138                                                <ome:ObjectiveRef ID="Objective:1"/> 
     139                                        </omero:ImageProfile> 
     140                                        <omero:ImageProfile origin="File"> 
     141                                                <omero:Name></omero:Name> 
     142                                                <omero:Description></omero:Description> 
     143                                                <ome:InstrumentRef ID="Instrument:1"/> 
     144                                                <ome:ObjectiveRef ID="Objective:2"/> 
     145                                        </omero:ImageProfile> 
     146                                        <omero:ChannelProfile origin="User"> 
     147                                                <omero:Name></omero:Name> 
     148                                                <omero:Description></omero:Description> 
     149                                                <ome:LightSourceRef ID="LightSource:1"/> 
     150                                                <ome:OTFRef ID="OTF:1"/> 
     151                                                <ome:DetectorRef ID="Detector:1"/> 
     152                                                <ome:FilterSetRef ID="FilterSet:1"/> 
     153                                        </omero:ChannelProfile> 
     154                                        <omero:ChannelProfile origin="File"> 
     155                                                <omero:Name></omero:Name> 
     156                                                <omero:Description></omero:Description> 
     157                                                <ome:LightSourceRef ID="LightSource:1"/> 
     158                                                <ome:OTFRef ID="OTF:1"/> 
     159                                                <ome:DetectorRef ID="Detector:1"/> 
     160                                                <ome:FilterSetRef ID="FilterSet:1"/> 
     161                                        </omero:ChannelProfile> 
     162                                </omero:ProfileSet> 
     163                        </sa:Value> 
     164                </sa:XmlAnnotation> 
    124165        </sa:StructuredAnnotations> 
    125166</ome:OME> 

Download in other formats:

  • Unified Diff
  • Zip Archive
Trac Powered

Powered by Trac 0.11
By Edgewall Software.

Visit the Trac open source project at
http://trac.edgewall.org/